La sociedad panameña es mayoritariamente católica debido exclusivamente a la colonización española durante la época de la conquista que propició la imposición de la doctrina religiosa del entonces imperio ibérico a nuestros aborígenes. Los nativos indígenas se incorporaron al culto de los conquistadores por coerción, admiración a los lujos, armas y poder de los guerreros hispanos, adoctrinamiento gradual a través del monopolio de la educación escolar o por lealtad genética inducida mediante el mestizaje sexual.
En 1513, Vasco Núñez de Balboa logra introducirse por el istmo de Panamá y descubre el Océano Pacífico, al que denominó Mar del Sur. En el mismo año, se constituye en diócesis Panamá, que sería la primera diócesis erigida en tierra firme. Desde ese momento se convierte esa región algo así como en un centro de operaciones. De Castilla de Oro salen expediciones civilizadoras hacia la América Central y por el istmo de Panamá pasa la corriente cristiana hacia la América del Sur.
En los años corridos de 1569 á 1611, la diócesis de Panamá fue ocupada por Fray Francisco Abrego (1569-1574); Fray Manuel de Mercado Aldrete (1577-1580), prelado á quien tocó principiar la obra de construir de piedra la catedral; el Maestro Bartolomé Ledesma (1580-1587); Fray Bartolomé Martínez Menacho (1588-1593); Don Antonio Calderón (1599-1608) y Fray Agustín de Carvajal (1608-1611). Con una población heterogénea de 5.000 almas, poseía Panamá en 1610 los conventos de la Merced, de San Francisco, de Santo Domingo, de San Agustín, de la Compañía de Jesús y de las Monjas de la Concepción. Contaba con un hospital llamado San Sebastián, servido por los particulares y puesto más tarde en manos de los frailes de la hermandad de San Juan de Dios; destinaba al culto católico la Catedral, dedicada á la Virgen de la Asunción, y dos capillas: Santa Ana y San Cristóbal.
Tenía Panamá 500 casas de toda estructura, distribuidas en 3 plazas y 11 calles, pasando, sin embargo, por ser en esa época una de las ciudades más importantes de la América española. En Veraguas la población blanca era tan escasa que Remedios, capital de la Provincia, Alanje, Santa Fe y Montijo, tenían 40 vecinos la primera, 8 cada una de las dos siguientes y 20 la última. Natá, en el partido de su nombre, no tenía ordinariamente en su recinto más de 20 vecinos y cosa semejante ocurría en la Villa de los Santos, manteniéndose, empero, mejor poblados los pueblos de naturales de Penonomé, Parita y San Cristóbal de Chepo, en los cuales la población española era todavía más reducida.
La explotación de las minas de oro de Veraguas, suspendida por algún tiempo, continuó por disposición del Gobernador de esa Provincia, Lorenzo del Salto, en cuyo honor fundó el Padre Gaspar Rodríguez Valderas (1620) la población de San Lorenzo, cuando ya existían las de Atalaya y de San Francisco, todas de naturales, en la citada provincia, donde la labor evangélica de los frailes dominicanos alcanzaba, igualmente, la reducción de los indios guaimíes. Cosa distinta sucedía en la parte opuesta del país, donde la indiada rebelde del Darién hacía estériles los sucesivos esfuerzos de los gobernadores Rodrigo de Vivero y Velasco (1622-1628), Álvaro de Quiñones Osorio (1628-1633) y Sebastián Hurtado de Corchera (1633-1634) para reducirlos por la fuerza de las armas.
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